新疆医科大学第二附属医院位于新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市，前身为1954年建立的“新疆军区生产建设兵团第一医院”，1975年更名“新疆维吾尔自治区第二人民医院”，1978年更名“新疆医学院第二附属医院”，1998年更名“新疆医科大学第二附属医院”，2002年挂牌“新疆医科大学第二临床医学院”。

目前，医院拥有国家级、自治区级、校级各类医疗中心15个，分别是国家卫健委“神经外科建设中心”、国家级高级卒中中心、胸痛中心、全国帕金森病及运动障碍疾病高级中心、神经系统疾病临床医学研究中心、新疆耳聋防治及听力重建中心、新疆关节及周围神经疾病诊疗中心、国家精神心理疾病临床医学研究中心（新疆分中心）、国家老年疾病临床医学研究中心（新疆分中心）、同济大学附属同济医院盆地疾病诊治与培训中心（新疆分中心）、中南大学湘雅医院远程病理新疆区域中心、新疆医科大学重点培育的神经脑科临床诊疗中心、心脏康复中心、康复中心、睡眠中心等。

妇科

新疆医科大学第二附属医院妇科是拥有高素质人才、先进的医疗设备和诊疗技术于医教研全方位发展的综合妇科，有60余年的发展历史。开展妇科内窥镜诊治技术，熟练完成妇科三、四级手术及宫腔镜、腹腔镜等微创手术。近年来积极开展妇科肿瘤微创手术，单孔腹腔镜手术及尿失禁手术、改良盆底重建术等手术。